Загребачки надбискуп Алојзије Степинац је од првих дана здушно благословио стварање "католичке државе", како је он често називао НДХ. Априла 12. 1941. године састаје се са генералом Славком Кватерником, по проглашењу НДХ.
Надбискуп Степинац се први пут састао са Антом Павелићем одмах по његовом повратку 16. априла 1941, четири дана након проглашења НДХ. и изразио пуну подршку Усташкој новооформљеној држави.
Алојзије Степинац је на Ускрс 1941. године поново објавио формирање НДХ и том приликом је у име Ватикана благословио усташког поглавника Анту Павелића. Тада је, између осталог, рекао:
"Док Вас ми срдачно поздрављамо као главу НДХ, ми молимо Бога Звезда да да свој небески благослов Вама, вођи нашег народа".
28. априла 1941. године Степинац је написао "пасторално писмо" у коме је позвао своје свештенство да подржава и брани нову католичку државу Хрватску. Одмах по освајању власти, Усташе крећу са са остваривањем својих планова ликвидације српског становништва, с чиме је Степинац био упознат, јер су се егзекуције изводиле јавно.Степинац је, уз сагласност и под надзором опата Јосипа Рамира Марконеа, папског легата у НДХ, сазвао нову Бискупску конференцију у Загребу од 17. до 20. новембра 1941. која је била посвећена прелазима грчко-источњака у католичку веру.
Алојзије Степинац у писму папи Пију XII у писму од 18. маја 1943. године наводи да је У НДХ покрштено око 250.000 православних Срба. Покрштавање је вршено насилно, јер многи Срби нису имали избора, могли су или да буду покрштени или да буду убијени. Доста их је, чак, побијено и после покрштавања.
Надбискуп Степинац је био потпуно свестан постојања концентрационог логора Јасеновац , али се о томе није јавно противио.
Ватикан 1943 године надзирући исход рата и пораз осовине зла, покушава да се створи атмосфера где ће се ионако одлазећа фашистичка НДХ власт заменити са наводно антифашистима Мачеков-им ХСС-ом и на тај начин би можда Хрватска остала у границама НДХ,.
У циљу наведених разлога и инструкција из Ватикана Надбискуп Степинац критикује покољ Срба од стране усташа.
Степинац је оптужен због сарадње с врхом усташке државе , сусрета с Павелићем и другим усташким часницима, за прекрштавање десетине хиљаде Срба, за подстрек који је Усташама пружао католички клер, за говоре у којима подстиче на молитву за Павелића и противнародног деловања након рата. Бранио се ћутањем, на крају саслуша Степинац је прекинуо ћутање, изјавио да је невин и између осталог прекрштавање Срба називао неисправним изразом, јер се ради наводно о верском прелазу већ крштених људи (цинизам Степинца или правни лапсус оптужнице обзиром да су људи уз претњу смрћу прекрштавани).
За часопис "Свет Европе" поводом светског Дана сећања на жртве холокауста Фински стручњак за балканску политику Ари Русила каже:
"Може се рећи и да је верски мотив и бруталност крвника био водећи принцип у Јасеновцу. Познато је да су 743 римокатоличка свештеника били припадници усташког покрета и лично убијали Србе, Јевреје и Роме. Једно веме Јасеновац је био под контролом фра Филиповића Мајсторовића који је признао да је својом руком убио 40 000 Срба", пише Русила.
Међународна комисија стручњака за истину о Јасеновцу, основана је 2000. године. На једној седници Међународне комисије у Њујорку дошло се до података да су 1400 католичких свештеника из НДХ били директне убице невиних жртава геницида о чему говори Др. Србољуб Живановић, професор лондонског универзитета, антрополог светског гласа и члан Међународне комисије стручњака за истину о Јасеновцу.
Поред личне одговорности Алојзија Степинца и горе наведених њему подређених свештеника, папа Јован Павле II га је 1998. године прогласио “блажеником”, што је први корак ка проглашењу за свеца.
