Јасеновац је први усташки логор који је функционисао по нацистичком узору. Макс Лубурић, усташки функционер задужен за рад логора је провео неко време у Немачкој, као гост Гестапо-а, почетком октобра 1941. Том приликом је посетио више немачких концентрационих логора, а по повратку у НДХ, спровео је реорганизацију постојећих логора и основао нове, по угледу на логоре у Немачкој.
Јасеновац је по организацији личио на нацистичке логоре, мада су убијања вршена другачије. Као и у нацистичким логорима настојало се искористити радну снагу логораша пре ликвидације. Јасеновац је и подигнут на месту где су се већ налазила занатска и фабричка постројења.
Систем масовних убистава у Јасеновцу установљен је већ у јесен 1941, чим су већи транспорти људи почели да пристижу. Мушкарци, жене и деца стизали су овамо возовима, камионима, коњским запрегама или просто трчећи пред усташама са напереним пушкама. Места масовних погубљења налазила су се по целом јасеновачком логору. Већина је смештена на десној обали Саве од Дубице низводно, а нарочито у селу Градина. Према форензичким истраживањима, преко 300,000 људи побијено је баш ту. Убиства логораша вршила су се такође и у шуми поред логора „Крапје“, близу логора „Версај“ и „Уштица“, на читавој левој обали Саве низводно од Јасеновца до села Јабланац и Млаке. Осим тога, унутар комплекса „Тројке“ постојао је крематоријум, који је уствари био пећ за печење цигле; усташе су је претвориле у крематоријум, према нацртима Хинка Пићилија, тако да су се у њему могли спаљивати логораши. У кругу логора, осим „Пићилијевих“ пећи, постојала су и друга места где су људи мучени и убијани, а звали су се „лончара“, „граник“, „звонара“, „сабласно језеро“, и тако даље.
У логору „Стара Градишка“, мучења и убијања вршила су се у подрумима старе аустријске тврђаве, у кули те тврђаве и на обалама Саве.
До ког степена је систем убијања био развијен сведочи један допис из главног штаба, послат 27. априла 1942. свим усташким јединицама и институцијама, у коме се каже да „сабирни и радни логор у Јасеновцу може примити неограничен број затвореника.“
